La novela en cuanto a la situación geográfica se divide en 2 partes claramente diferenciadas:
La primera parte de la novela esta se desarrolla en Tokio. Y la segunda parte se desarrolla en la prefectura de Nagasaki, donde en el período estival se desplazan los protagonistas principales: Midori y Hanada así como Otori (el padre biológico de Midori) y Kitagawa (el tutor): (pág.176)
"Nagasaki es la prefectura con más islas del Japón. El dueño de la pensión en la que nos alojábamos nos explicó que Nagasaki tiene unas novecientas setenta y una islas, incluyendo las deshabitadas. En el mar del norte, los archipiélagos de Iki y Tsushima, y el mar del oeste, los de Hirado y Goto.
La isla de Ojika, de donde venía la familia de Hanada, se encontraba en el extremo meridional de Hirado, en la línea divisoria que separaba los archipiélagos de Hirado y Goto. Otori, en cambio, estaba en Fukue-shima, al sur de las islas Goto. Era la isla más poblada del archipiélago y la que ocupaba una superficie más extensa."
También visitan la isla de Nozaki, y como una imagen vale más que mil palabras os dejo unas fotos relativas al texto:
"- Es la isla de Nozaki. Está a unos veinte minutos en barco. En el punto más alto de la isla está el templo de Okinoko." (pág.192) 
